活佛转世制度是藏传佛教区别于其它佛教流派最明显的特征。它是如何出现的呢? 活佛一词最早出现于元代。元朝皇帝忽必烈封萨迦教主八思巴为“西天佛子，化身佛陀”，此后，元代人就开始称西藏高僧为“活佛”，这时它指宗教修行中取得一定成就的僧人。到活佛转世制度创立后，它才成为寺庙领袖继承人的特称。
　　１２５２年，忽必烈召见八思巴时，也邀请噶玛噶举高僧噶玛拔希。但噶玛拔希投向了当时的蒙古大汗蒙哥，被蒙哥封为国师，并赐给一顶金边黑帽及一颗金印。１２８３年，噶玛拔希圆寂。为将本教派既得利益保持下来，他便以佛教意识不灭、生死轮回、“化身再现，乘愿而来”为依据，临终前要求弟子寻找一小孩继承黑帽。弟子秉承师命，找来一小孩为噶玛拔希的转世灵童，黑帽系活佛转世制度就这样建立起来了。明朝，黑帽系活佛噶玛巴被明永乐皇帝封为明三大法王之首的“大宝法王”。今天，这一活佛转世系统仍在传承。１９９２年９月２７日，拉萨堆隆德庆县楚布寺举行盛大的十六世噶玛巴活佛转世灵童坐床典礼，揭开噶玛噶举黑帽系活佛转世的又一页。

　　活佛转世制度创立后，藏传佛教各教派为了自己的利益，纷起仿效，相继建立起大大小小数以千计的活佛转世系统。据统计，清朝乾隆年间在理藩院正式注册的大活佛就有１４８名，到清末增至１６０名。其中，随着本教派利益的膨胀而建立的两个最大的活佛转世系统是达赖转世系统和班禅转世系统。

　　达赖活佛转世系统创建于１６世纪。清初，五世达赖喇嘛不远千里到北京朝见顺治皇帝，被封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤咖恒喇达赖喇嘛”，达赖喇嘛的称呼从此正式确定下来，并传承至今。现世达赖喇嘛是中华民国中央政府命“免予掣签，特准继任为第十四辈达赖喇嘛”后，于１９４０年２月２２日由国民政府蒙藏委员会委员长吴忠信主持，在布达拉宫正式坐床的。

　　班禅活佛转世系统出现于１７１３年，清朝中央政府正式册封班禅为“班禅额尔德尼”（“额尔德尼”，满语，为梵语ratna之变音，旧译“宝师”或“大宝”）。民国时期，九世班禅与十三世达赖失和，班禅出走内地，圆寂于青海，宫保慈丹经扎什伦布寺班禅行辕寻访到后，国民政府代总统李宗仁特令“免予掣签，特准继任为第十世班禅额尔德尼”。１９４９年８月１０日在国民政府蒙藏委员会委员长关吉玉主持下，十世班禅坐床大典在塔尔寺举行。

　　１７世纪格鲁派掌权后，这种活佛转世的办法成为西藏特权阶层争夺利益的手段。为杜绝大活佛转世中的族属传袭之流弊，１７９３年清朝颁布“钦定藏内善后章程二十九条”时，创建金瓶掣签制度，将其列入“善后章程”第一条；大皇帝为求黄教兴隆，特赐一金瓶，规定今后遇到寻找活佛灵童时，邀集四大护法，将灵童名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于牙签牌上，放进瓶内，选派有学问的活佛，祈祷七日，然后由众呼图克图会同驻藏大臣在大昭寺释迦佛像前正式认定。

　　金瓶掣签制度，完善了藏传佛教活佛转世制度。金瓶掣签后，驻藏大臣、寻访灵童负责人要将掣签所得灵童的情况报告中央政府，经中央政府批准后，才能举行坐床典礼。为此，清朝特制两个掣签金瓶，一个用于达赖、班禅转世灵童的认定，现存放于拉萨布达拉宫；另一个用于确认蒙藏大活佛、呼图克图的转世灵童，现存放于北京雍和宫.